技術概覽
本設施配備兩套自動化核酸提取系統，提供規範化的樣本處理服務，以盡量減少人工操作帶來的可能潛在誤差。這些系統支援從各種樣本類型中提取 DNA 及／或 RNA。
在離液鹽（chaotropic salt）存在下，核酸透過結合至磁珠的二氧化矽表面，從裂解物中一步分離。隨後利用磁力將磁珠從裂解物中分離。經清洗過程後，即可提取出純淨化的 DNA 或 RNA。
純化後的核酸可直接用於下游應用，例如 MassArray 基因分型、Sanger DNA 測序及新一代測序 (NGS)。
QIAsymphony
這是一個高通量核酸提取系統。可應要求提供針對不同樣本類型的專用試劑盒及客製化方案[。
| 試劑盒 | 樣本類型 |
| QIAsymphony DSP DNA 試劑盒 | 血液及血液衍生樣本 |
| QIAsymphony DSP 病毒／病原體試劑盒 | 細菌培養物、糞便、血漿及血清 |
| QIAsymphony DSP 循環樣本試劑盒 | 血漿 |
| QIAsymphony PAXgene 血液 RNA 試劑盒 | PAXgene 血液 RNA 管中的人類全血 |
QIAcube Connect
QIAcube Connect 是一個用於運用 QIAGEN 離心柱（spin columns）技術的低通量核酸提取系統。每次運行最多可處理 12 個樣本。
大多數的 QIAGEN離心柱試劑盒均可在 QIAcube Connect 上處理。本中心備有 RNA 提取試劑盒以及用於 DNA/RNA 提取的 Allprep 試劑盒。如需客製化項目及實驗方案，請向我們查詢。
| 試劑盒 | 服務類型 |
| miRNeasy 組織－細胞進階迷你試劑盒 | 組織及細胞 |
| AllPrep DNA/RNA/miRNA 通用試劑盒 | 冷凍組織、OCT 冷凍組織及細胞 |
如需了解更多與 QIAsymphony 及 QIAcube Connect 相容的提取試劑盒，請向我們查詢。
*** 新服務 ***
福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織 的DNA 及 RNA 提取
─ 提供從 FFPE 組織中進行 DNA 與 RNA 共同提取，或單獨提取 DNA 或 RNA 的服務。
詳情請向我們查詢。
樣本採集與儲存
組織
- 對於大多數組織類型，建議樣本量為 10-30 毫克。
- 心臟組織量最多為20 毫克；肌肉組織量最多為40 毫克
- 請將組織樣本儲存於 -80°C。
全血
- 可使用以 EDTA、ACD 或肝素（heparin）作為抗凝劑處理的全血樣本。
- 如需高分子量 DNA，請使用 EDTA作為抗凝劑。
- 請將血液樣本儲存於 -80°C。
- 為避免反覆凍融，請在採集樣本前聯絡我們以獲取指定的樣本管。
白膜層
- 白膜層所需的樣本體積取決於白膜製備過程中的濃縮程度。
- 請將白膜層樣本儲存於 -80°C。
- 為避免反覆凍融，請在採集樣本前聯絡我們以獲取指定的樣本管。
FFPE 組織
- 請使用新鮮切下的 10 微米 (µm) 切片。
- 應捨棄標本表面的首幾張切片。
- 切片數量取決於樣本類型，有關切片數量的建議，請聯絡我們。
- 請將切片儲存於 4°C
其他樣本類型
- 請向我們查詢。
工作流程
樣本提交
* 樣本應在採集樣本管後的 3 個月內提交。
* 每宗提取服務訂單最多包含 2 次獨立樣本提交。若超出此次數，每次額外提交需繳付 300 港元處理費。
* 若項目樣本少於 8 個，將額外收取 500 港元的處理費。
- 透過 iLab 提交服務申請。
- 請聯絡平台專員以安排領取樣本管、裂解緩衝液及消化酶（如適用）。
註：對於 QIAsymphony，應使用 Sarstedt 的 2 mL 試管（貨號： 72.693.005、72.694.005 及 72.694.006）。若樣本體積 >2000 μl，可使用 Falcon 14 mL 試管（貨號：352051 及 352057）。對於 QIAcube，應使用 Eppendorf 1.5 mL DNA LoBind 試管（PCR Clean 級，貨號：0030108051）或 Sarstedt 的 2 mL 試管（貨號：72.694.406）。
如需了解其他試管類型的相容性，請向我們查詢。任何不相容的試管將不獲接收，因為它們可能因無法與儀器正確適配而導致提取失敗。
- 請在試管側面清晰標註樣本編號（Sample ID）及日期。如提前將樣本編號清單發送給我們，我們將提供樣本管的條碼標籤（Barcode labels）。
- 請依照 QIAsymphony 或 QIAcube Connect 的提取操作指南，對樣本/裂解液進行預處理並將其轉移至指定的樣本管中。如需相關指南，請聯絡我們。
- 若使用 QIAcube Connect 進行 OCT 冰凍切片萃取，應將切片收集在 1.5 mL Eppendorf DNA LoBind 試管（貨號：0030108051）中。關於切片數量及尺寸的具體要求，請另行諮詢，因為可能需要進行最佳化或預試驗。
- 對於 FFPE 組織，切片應收集在由泛組學科研中心 (CPOS) 提供的 2 mL Eppendorf DNA LoBind 試管中（貨號：0030108078）。由於可能需要進行優化／試驗，有關切片數量及尺寸，請向我們查詢。
- 請扭緊試管蓋。
- 將試管放入附有蓋子的盒子中，並保持試管直立。
- 請根據樣本類型下載樣本提交表格。此檔案中的資訊將用於打印試管標籤，且免費提供。
細菌培養物／細胞： Extraction_Sample_Submission_Form_Bacteria OCT 冷凍組織／冷凍組織： Extraction_Sample_Submission_Form_Tissue 全血、白膜層、血清／血漿、糞便、唾液： Extraction_Sample_Submission_Form_General FFPE 組織： Extraction_Sample_Submission_Form_FFPE - 請在樣品資訊工作表中標記清楚輸入每個樣本編號。將表格上傳至 iLab 的服務申請中，並列印一份紙本。樣本編號最多為 10 個字元。
不得包含「空格」及特殊字元（例如 ~_!@#$%^&*()）。 - 請聯絡平台專員以安排提交樣本。
- 請將裝有試管的盒子帶到本中心。在運輸過程中，樣本應保持在冰上或乾冰上（取決於樣本類型）。
核酸及提取結果領取
核酸
根據試劑盒說明書，DNA 將使用無 RNase 水、Buffer AVE、ATE 或 EB 以最小洗脫體積進行洗脫。如需其他洗脫體積，請向我們查詢。
請將 DNA 儲存於 -20°C 或 -80°C 以防止降解。
RNA 將使用無 RNase 水以可用的最小洗脫體積進行洗脫。如需其他洗脫體積，請向我們查詢。
請將 RNA 儲存於 -80°C 以防降解。
用戶有責任在完成服務後 3 個月內從本中心領取核酸。
DNA 資訊
對於全方位服務*，提取出的 DNA 數量和質量將分別透過 NanoDrop 及瓊脂糖凝膠電泳進行數量告品質的評估[。
NanoDrop 數據及凝膠電泳圖像將連同領取 DNA 的通知透過電郵發送給用戶。
請自行妥善保存凝膠電泳照片及 NanoDrop 數據的副本。本設施將不會永久保留數據。
FastRuler 高範圍 DNA 標記（ladder）將與您的樣本一同運行，以作 DNA 大小參考[。
*對於 FFPE 樣本：提取出的 FFPE DNA 的數量和純度將分別透過 Qubit 及 NanoDrop 進行評估。
*對於 ccfDNA 樣本：, 提取出的 ccfDNA 的數量和質量將分別透過 Qubit 及 Fragment Analyzer 進行評估。
RNA 資訊
對於 RNA 提取的全方位服務，提取出的 RNA 數量和質量將透過 NanoDrop、Qubit 及 Fragment Analyzer 進行評估。
數據交付
NanoDrop 數據、Qubit 結果及凝膠電泳圖像將包含在提取結果檔案中。Fragment Analyzer 結果將以 PDF 格式發送。所有提取結果將透過 ODDS 發送給用戶，並附上領取核酸的通知。請自行妥善保存結果檔案的副本。基因組學設施將不會永久保留數據。
處理時間
完成服務所需的時間取決於提交的樣本數量以及提交樣本時的服務需求水準。
一旦所有樣本及所需資訊提交至設施，您的工作將立即排入處理隊列。
服務延誤可能會由於不可預見的情況及服務排隊時間較長所致，如有此情況，將在樣本提交時通知用戶。
服務條款
如果樣本包含已知傳染性病原體，請務必告知我們。
我們將負責儀器的正確操作。
無法保證提取出的 DNA 和 RNA 的質量或數量，因為兩者均取決於原始樣本質量。實際純化體積亦會因樣本而異。
本設施已成功將提取出的 DNA 用於下游工作，例如 Sequenom 基因分型及新一代測序 (NGS)。
DNA 樣本中可能會帶有微量磁珠殘留。用戶可將磁珠離心沉澱，並取上清液進行下游實驗。
發票將於工作完成後的次月寄出。
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Ms LAU, Tracy
