生物訊息設施

概覽

我們中心為各類基因組學與轉錄組學數據分析提供生物訊息學支持,目前主要聚焦於新一代測序(NGS)數據分析。

我們中心內部設有專職生物訊息分析人員,為用戶提供標準化及定制化數據分析核心服務。我們在不同類型的 NGS 項目方面擁有豐富經驗,包括 RNA-Seq、外顯子組測序、基因組從頭組裝和轉錄組組裝、宏基因組學等。我們樂意與各位同事分享相關經驗並提供建議。

對於內部數據分析,我們採用 BWA、Samtools、Picard、GATK、RSEM、EBSeq、Velvet、Oases、Trinity、QIIME 等常用工具。為了方便希望自行參與數據分析的研究人員,我們配備了分析工作站,並安裝了易於使用的商業軟體的,包括用於下游數據篩選、視覺化、基因集與通路分析的 Partek Genomics Suite ,以及用於使用 Partek Flow 進行單細胞 RNA-Seq 分析的Partek Flow。

除了提供 NGS 的生物訊息學外,我們亦提供基因表達、基因分型、拷貝數及各類定制化分析方面的協助。

歡迎各位同事聯絡生物訊息設施,進行非正式諮詢或討論潛在的合作。

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  • Bioinformatics email: bioinfo.cpos@hku.hk

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