數據分析服務項目

生物訊息設施

數據分析服務項目

項目規劃

數據分析對任何 NGS 項目都至關重要，因此我們建議提前進行規劃。對於需要我們提供生物訊息學的研究人員，我們強烈建議您在項目規劃的早期階段與我們討論您的項目，以評估可行性並設定合理的預期。

期望事項

我們的免費諮詢將幫助您確定測序技術的選擇（見下表）、讀長、所需通量（測序深度）以及分析方法等。所有這些因素對於回答您具體的科學問題都將發揮重要作用。下表列出了一些通用技術的典型項目，但我們也可討論任何其他項目。 歡迎現在聯絡我們以討論您的項目！


應用	Illumina 測序技術，邊合成邊測序		單分子實時測序技術 (SMRT)	可能需要回答的問題
	NovaSeq	MiSeq	PacBio
外顯子組測序	+++	+	-	外顯子序列中是否存在新的突變？
RNA-Seq	+++	++	+	我的樣本中哪些基因存在差異表達？我的樣本之間是否存在不同的剪接模式？
染色質免疫沉澱定序 (ChIP-Seq)	+++	++	-	我的蛋白質會與哪些序列結合？
從頭全基因組測序	+++	+++	+++	這種生物的基因組是什麼樣的？
重測序	+++	+++	+	我的細菌／病毒／質粒分離株與常見菌株相比，其序列存在哪些差異？
宏基因組學	+++	++	+	我的環境樣本中存在哪些微生物？我的培養物中有哪些不同的病毒株？
MicroRNA 表達譜分析	+++	++	-	我的樣本中表達了哪些 MicroRNA，或哪些 MicroRNA 存在差異表達？
甲基化分析	+++	++	+	基因組中的哪些位點發生了甲基化？我的樣本之間是否存在不同的甲基化模式？

工作流程

收費標準

大多數生物訊息學分析都是獨特的，因此服務費用會根據管理您的具體項目所需的時間和資源而有所不同。為便於預算，在了解您的需求後，我們會及時向您提供預估費用的報價。

作為學術性、非牟利中心實驗室，我們與許多其他服務提供商相比，提供極具競爭力的價格。

**重要提示：*如需享受香港大學（HKU）價格，研究人員必須是港大的正式員工，且付款必須通過符合內部轉帳條件的港大內部財務帳戶支付。所有外部資金均須收取管理費（Overhead charge）。

服務選項

在 CPOS，生物訊息學團隊與 NGS 實驗室團隊緊密合作，提供多種服務選項，以滿足您的需求。除測序運行服務外，測序數據在發布給用戶之前均會進行質量控制 (QC)。
除定序運行服務外，定序數據在發放予用戶前均會進行質量控制（QC）。

如需了解根據不同應用所提供的具體交付內容，請參閱數據交付內容（Data Deliverables）部分。


服務類型	是否於 CPOS 進行文庫構建？	是否由 CPOS 負責測序？	生物訊息學交付內容
			原始測序數據（去多重）	測序報告	FastQC 報告	分析報告及其他交付內容	中間分析文件
測序運行服務	否	是	√
全流程服務	是	是	√	√	√
提供標準分析的全流程服務	是	是	√	√	√	√	√
僅限數據分析	否	否				√	√

數據收集

數據收集概覽

自 2022 年 6 月 1 日起，為方便 CPOS 用戶能全天候（24/7）獲取數據，所有數據均可通過 sFTP 服務器獲取。直接將數據傳輸至 CPOS HPCF 目錄的服務（僅於辦公時間提供）將會終止。所有用戶均可按照以下工作流程透通過 sFTP 服務器下載數據。

數據備妥後，用戶將收到電郵通知。
用戶通過電郵接收 sFTP 用戶名稱及密碼，解壓密碼將於另一封電郵中提供。
用戶從 sFTP 服務器下載數據（見下方說明）。
要解壓文件檔案，用戶使用者可使用 7zip 或 winrar。

為遵守本中心的數據保護方案，分析數據在通過 sFTP 服務器交付前會進行壓縮和加密。訪問 sFTP 服務器的用戶名稱和密碼，以及解壓文件的密碼，將通過兩封不同的電郵分別提供，以提高安全性。數據可使用 7zip 或 winrar 進行解壓。由於服務器硬碟空間有限，數據在交付後僅保留 1 個月。此後，數據將從我們的服務器中刪除，恕不另行通知。請確保妥善保存一份數據副本（包括分析結果及所有中間文件），並清楚標識，以供日後查閲。

數據收集工作流程

如何從 sFTP 服務器下載文件（Windows）

概要

本節介紹如何設置並登錄 FileZilla Client，以使用首選的 FTP 客戶端從 sFTP 服務器傳輸文件。當下載文件大小超過 250 GB 時，文件將被拆分為多個文件。請記得下載同一文件夾中的 md5sum 文件，以便之後驗證下載文件的完整性。由於 Wi-Fi 連接不穩定，不建議使用 Wi-Fi 進行下載。

操作步驟

下載並安裝 FileZilla Client（https://filezilla-project.org）。注意：請下載 FileZilla Client，而不是 FileZilla Server。
打開 FileZilla，並把以下的資訊輸入至視窗頂部的 Quickconnect 欄。
- Host：您獲得的主機地址
- Username：您獲得的用戶名稱
- Password：您獲得的密碼
- Port number: 22
（上述信息可從生物訊息學團隊發送的電郵中獲取。）
點擊 Quickconnect 或按 Enter 連接至服務器。
首次登錄時，點擊 OK，接受關於未知主機密鑰的安全證書。
點擊您希望從 sFTP 服務器下載的文件（右側窗口），然後將文件移動至您計算機上的目標位置（左側窗口）。請注意，在執行拖放操作時，需要按住鼠標按鈕。
將文件「放置」到計算機後，您將看到文件傳輸正在進行（見下方截圖）。請等待文件傳輸完成；對於較大的文件，此過程可能需要一段時間。請注意，括號中的數字表示待傳輸的文件數量。
文件傳輸成功完成後，您將在「Successful transfers」選項卡中看到數字（見下方截圖）。請注意，括號中的數字表示已成功傳輸的文件數量。
當所有文件均成功下載後，您可以關閉 FileZilla Client，然後使用 md5sum 驗證已下載文件（請參閱下一節）。請務必仔細按照下一步操作，以確認文件已成功下載。

如何檢查已下載文件的 md5sum（Windows）

概要

本節介紹如何使用 WinMD5Free，通過 MD5（Message-Digest Algorithm 5）哈希值驗證已下載文件的完整性。

操作步驟

下載並解壓 WinMD5Free（http://www.winmd5.com）。
打開解壓文件夾中的 WinMD5.exe。
點擊 Browse，選擇您從 sFTP 服務器下載的 zip 文件。MD5 校驗值將計算並顯示在 Current file MD5 checksum value 中。請耐心等待，此過程對於較大的文件可能需要較長時間（最長可能需要一小時或更長時間）。

使用 Notepad 打開從 sFTP 服務器下載的 md5sum 文件。複製 MD5 校驗值，並將其粘貼至 WinMD5Free 中的 Original file MD5 checksum value，然後點擊 Verify。

Notepad:

WinMD5Free:

如果從 sFTP 服務器下載文件成功，將彈出窗口並顯示「Matched!」。如果顯示「NOT Matched!」，請重新從我們的 sFTP 服務器下載該文件。

確認文件已成功下載後，如有需要，您可以使用 7-Zip 解壓文件（請參閱下一節）。

如何在 Windows 中解壓從 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件

概要

本節介紹如何使用 7-Zip 解壓從我們的 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件。請注意，在嘗試解壓文件之前，請先下載所有分卷 ZIP 文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

操作步驟

下載並安裝 7-Zip（http://www.7-zip.org）。
右鍵單擊從 sFTP 服務器下載的 zip.001 文件，然後選擇 7-Zip > Extract Here。

將彈出窗口要求輸入密碼。請輸入我們通過電子郵件提供的密碼，然後單擊OK。
解壓後的文件夾將生成在與原始文件相同的位置。請注意，只需解壓 zip.001 文件；其餘的分卷 ZIP 文件（如有）將一併解壓縮到同一個文件夾中。

如何從 sFTP 服務器下載文件（CPOS HPCF / Linux）

概要

本節介紹如何使用命令行從 sFTP 服務器傳輸文件。如果文件大小超過 250 GB，下載的文件將被分割為多個文件。請注意，請在同一個文件夾中下載 md5sum 文件，以便稍後驗證下載文件的完整性。 由於 Wi-Fi 連接不穩定，不建議使用 Wi-Fi 進行下載。有關 CPOS HPCF 的更多信息，請參閱 CPOS HPCF 部分。

命令

$ sftp {sftp username}@odds.cpos.hku.hk
$ {sftp password}
$ get -r data/*
$ bye

輸出

Fetching /data/{CPOS Job ID}/ to {CPOS Job ID}
Retrieving /data/{CPOS Job ID}
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.md5sum            100%    {size}  {speed}  {time remain}
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.zip.001           100%    {size}  {speed}  {time remain}

文件傳輸完成後，傳輸百分比將顯示為 100%。然後，您可以使用 md5sum 驗證下載的文件（請參閱下一節）。請務必仔細按照下一步操作，以確認下載成功。

如何檢查已下載文件的 md5sum (CPOS HPCF / Linux)

概要

本節介紹如何使用命令行，通過 MD5（Message-Digest Algorithm 5）哈希值驗證下載文件的完整性。

命令

$ md5sum -c {CPOS Job ID}.md5sum

輸出

{CPOS Job ID}.zip.001: OK

確認文件已成功下載後，如有需要，您可以使用 7-Zip 解壓文件（請參閱下一節）。如果收到以下錯誤信息： md5sum: WARNING: 1 computed checksum did NOT match 則文件可能因未能成功從我們的 sFTP 服務器下載而損壞。請重新從我們的 sFTP 服務器下載文件。

如何解壓從 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件（CPOS HPCF / Linux）

概要

本節介紹如何使用 7-Zip 解壓從我們的 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件。請注意，在嘗試解壓文件之前，請先下載所有分卷 ZIP 文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

命令

$ module load p7zip/16.02
$ 7za x -p{unzip password} {CPOS Job ID}.zip.001

輸出

7-Zip/16.02 is loaded
7-Zip (a) [64] 16.02 : Copyright (c) 1999-2016 Igor Pavlov : 2016-05-21
p7zip Version 16.02 (locale=en_US.UTF-8,Utf16=on,HugeFiles=on,64 bits,56 CPUs x64)

Scanning the drive for archives:
1 file,  {size} bytes ({size} GiB)

Extracting archive: {CPOS Job ID}.zip.001
--
Path = {CPOS Job ID}.zip.001
Type = Split
Physical Size = {size}
Volumes = 1
Total Physical Size = {size}
----
Path = {CPOS Job ID}.zip
Size = {size}
--
Path = {CPOS Job ID}.zip
Type = zip
Physical Size = {size}
64-bit = +

Everything is Ok

Folders: {num of folders}
Files: {num of files}
Size:  {size}     
Compressed: {size}

解壓完成後，您將看到 “Everything is Ok” 消息，並在與原始文件相同的位置找到解壓後的文件夾。 請注意，只需解壓 zip.001 文件；其餘的分卷 ZIP 文件（如有）將一併解壓縮到同一個文件夾中。

如何使用一體化下載工具從 sFTP 服務器下載、檢查 md5sum 並解壓受密碼保護的文件（CPOS HPCF）

概要

本節介紹如何使用一體化下載工具（cpos-sftp2hpcf），僅需執行一條命令，即可自動從我們的 sFTP 服務器下載數據、檢查 md5sum 並在 CPOS HPCF 中解壓受密碼保護的文件。請注意，在啟動工具之前，需要準備一個配置文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

開始使用

可以從此處下載 cpos-sftp2hpcf [MD5：daa5216087760ffb30b1cfe3653cde62]，也可以在 CPOS HPCF 的 /software/cpos-sftp2hpcf/1.0/ 中找到。

如果您使用下載的 cpos-sftp2hpcf 版本，請先解壓縮，然後按照以下說明操作。

操作步驟

準備配置文件（例如 cpos-sftp2hpcf_example.yaml）
- 示例配置文件可以在 cpos-sftp2hpcf 的腳本目錄中找到。

在主節點啟動工具

命令

$ sh {path/to/script/dir/of/cpos-sftp2hpcf}/cpos-sftp2hpcf.sh {config filename}

輸出
Stdout:

Checking...
{date} Downloading to {CPOS Job ID} to {dedicated directory}...
spawn sftp -oConnectTimeout=120 {sftp username}@odds.cpos.hku.hk
{sftp username}@odds.cpos.hku.hk's password:
Connected to odds.cpos.hku.hk.
sftp> get -r data/{CPOS Job ID}*
Fetching /data/{CPOS Job ID}/ to {CPOS Job ID} 
Retrieving /data/{CPOS Job ID}
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.md5sum         100%    {size}  {speed}  {time remain}
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.zip.001        100%    {size}  {speed}  {time remain}
sftp>
{date} Submitting job for check md5sum and unzip of ...
{PBS Job ID}
THANK YOU for using cpos-sftp2hpcf! Bye!

文件將傳輸到專用的 cpos_sftp2hpcf_session_* 目錄中。
文件傳輸完成後，傳輸百分比將顯示為 100%，系統將自動向計算節點提交 PBS 作業，以檢查 md5sum 並解壓文件。

log.cpos-md5sumN7za.*.o*

{date} Checking md5sum…
{CPOS Job ID} : OK
{date} Unzipping…

7-Zip (a) [64] 16.02 : Copyright (c) 1999-2016 Igor Pavlov : 2016-05-21
p7zip Version 16.02 (locale=en_US.UTF-8,Utf16=on,HugeFiles=on,64 bits,56 CPUs x64)

Scanning the drive for archives:
1 file, {size} bytes ({size} GiB)

Extractive archive: {CPOS Job ID}.zip.001
—
Path = {CPOS Job ID}.zip.001
Type = Split
Physical Size = {size}
Volumes = 1
Total Physical Size = {size}
—-
Path = {CPOS Job ID}.zip
Size = {size}
—
Path = {CPOS Job ID}.zip
Type = zip
Physical Size = {size}
64-bit = +

Everything is Ok

Path = {CPOS Job ID}.zip
Type = zip
Physical Size = {size}
64-bit = +
Characteristics = Zip64
Found ‘keep_downloaded_md5sum_zip_files’ option is true. Leaving without remove the downloaded md5sum and zip file(s)…
{date} cpos-sftp2hpcf for has completed!

- - PBS 作業完成後，您將看到 md5sum 檢查結果中的 : OK 消息，以及解壓結果中的 “Everything is Ok” 消息。解壓後的文件將提取到專用的 cpos_sftp2hpcf_session_* 目錄中。如果您選擇保留下載的文件，也可以在與解壓後文件相同的位置找到下載的文件。

數據獲取 - HPCF3

數據收集概覽

數據備妥後，用戶將收到電郵通知。
用戶通過電郵接收 sFTP 用戶名稱及密碼，解壓密碼將於另一封電郵中提供。
用戶從 sFTP 服務器下載數據（見下方說明）。
要解壓文件檔案，用戶使用者可使用 7zip 或 winrar。

數據收集工作流程

如何從 sFTP 服務器下載文件（Windows）

概要

操作步驟

下載並安裝 FileZilla Client（https://filezilla-project.org）。注意：請下載 FileZilla Client，而不是 FileZilla Server。
打開 FileZilla，並把以下的資訊輸入至視窗頂部的 Quickconnect 欄。
- Host：您獲得的主機地址
- Username：您獲得的用戶名稱
- Password：您獲得的密碼
- Port number: 22
（上述信息可從生物訊息學團隊發送的電郵中獲取。）
點擊 Quickconnect 或按 Enter 連接至服務器。
首次登錄時，點擊 OK，接受關於未知主機密鑰的安全證書。
點擊您希望從 sFTP 服務器下載的文件（右側窗口），然後將文件移動至您計算機上的目標位置（左側窗口）。請注意，在執行拖放操作時，需要按住鼠標按鈕。
將文件「放置」到計算機後，您將看到文件傳輸正在進行（見下方截圖）。請等待文件傳輸完成；對於較大的文件，此過程可能需要一段時間。請注意，括號中的數字表示待傳輸的文件數量。
文件傳輸成功完成後，您將在「Successful transfers」選項卡中看到數字（見下方截圖）。請注意，括號中的數字表示已成功傳輸的文件數量。
當所有文件均成功下載後，您可以關閉 FileZilla Client，然後使用 md5sum 驗證已下載文件（請參閱下一節）。請務必仔細按照下一步操作，以確認文件已成功下載。

如何檢查已下載文件的 md5sum（Windows）

概要

本節介紹如何使用 WinMD5Free，通過 MD5（Message-Digest Algorithm 5）哈希值驗證已下載文件的完整性。

操作步驟

下載並解壓 WinMD5Free（http://www.winmd5.com）。
打開解壓文件夾中的 WinMD5.exe。
點擊 Browse，選擇您從 sFTP 服務器下載的 zip 文件。MD5 校驗值將計算並顯示在 Current file MD5 checksum value 中。請耐心等待，此過程對於較大的文件可能需要較長時間（最長可能需要一小時或更長時間）。

使用 Notepad 打開從 sFTP 服務器下載的 md5sum 文件。複製 MD5 校驗值，並將其粘貼至 WinMD5Free 中的 Original file MD5 checksum value，然後點擊 Verify。

Notepad:

WinMD5Free:

如果從 sFTP 服務器下載文件成功，將彈出窗口並顯示「Matched!」。如果顯示「NOT Matched!」，請重新從我們的 sFTP 服務器下載該文件。

確認文件已成功下載後，如有需要，您可以使用 7-Zip 解壓文件（請參閱下一節）。

如何在 Windows 中解壓從 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件

概要

本節介紹如何使用 7-Zip 解壓從我們的 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件。請注意，在嘗試解壓文件之前，請先下載所有分卷 ZIP 文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

操作步驟

下載並安裝 7-Zip（http://www.7-zip.org）。
右鍵單擊從 sFTP 服務器下載的 zip.001 文件，然後選擇 7-Zip > Extract Here。

將彈出窗口要求輸入密碼。請輸入我們通過電子郵件提供的密碼，然後單擊OK。
解壓後的文件夾將生成在與原始文件相同的位置。請注意，只需解壓 zip.001 文件；其餘的分卷 ZIP 文件（如有）將一併解壓縮到同一個文件夾中。

如何從 sFTP 服務器下載文件（CPOS HPCF / Linux）

概要

命令

$ sftp {sftp username}@odds.cpos.hku.hk
$ {sftp password}
$ get -r data/*
$ bye

輸出

Fetching /data/{CPOS Job ID}.md5sum to {CPOS Job ID}.md5sum
/data/{CPOS Job ID}.md5sum            100%    {size}  {speed}  {time remain}
Fetching /data/{CPOS Job ID}.zip to {CPOS Job ID}.zip
/data/{CPOS Job ID}.zip               100%    {size}  {speed}  {time remain}

如何檢查已下載文件的 md5sum (CPOS HPCF / Linux)

概要

本節介紹如何使用命令行，通過 MD5（Message-Digest Algorithm 5）哈希值驗證下載文件的完整性。

命令

$ md5sum -c {CPOS Job ID}.md5sum

輸出

{CPOS Job ID}.zip.001: OK

如何解壓從 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件（CPOS HPCF / Linux）

概要

本節介紹如何使用 7-Zip 解壓從我們的 sFTP 服務器下載的受密碼保護文件。請注意，在嘗試解壓文件之前，請先下載所有分卷 ZIP 文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

命令

$ module load p7zip/17.05-GCCore-13.3.0
$ 7za x -p{unzip password} {CPOS Job ID}.zip.001

輸出

7-Zip (a) [64] 17.05 : Copyright (c) 1999-2021 Igor Pavlov : 2017-08-28
p7zip Version 17.05 (locale=en_US.UTF-8,Utf16=on,HugeFiles=on,64 bits,16 CPUs x64)

Scanning the drive for archives:
1 file,  {size} bytes ({size} GiB)

Extracting archive: {CPOS Job ID}.zip.001
--
Path = {CPOS Job ID}.zip.001
Type = Split
Physical Size = {size}
Volumes = 1
Total Physical Size = {size}
----
Path = {CPOS Job ID}.zip
Size = {size}
--
Path = {CPOS Job ID}.zip
Type = zip
Physical Size = {size}
64-bit = +
Characteristics = Zip64

Everything is Ok

Folders: {num of folders}
Files: {num of files}
Size:  {size}     
Compressed: {size}

如何使用一體化下載工具從 sFTP 服務器下載、檢查 md5sum 並解壓受密碼保護的文件（CPOS HPCF）

概要

本節介紹如何使用一體化下載工具（cpos-sftp2hpcf3），僅需執行一條命令，即可自動從我們的 sFTP 服務器下載數據、檢查 md5sum 並在 CPOS HPCF 中解壓受密碼保護的文件。

警告：請確保您的磁碟空間足夠，以儲存所有解壓後的數據。

開始使用

可以從此處下載 cpos-sftp2hpcf3 [MD5：ccf17583d8915b2af4d09cec7a2ada92]，也可以在 CPOS HPCF 的 “/software/cpos-sftp2hpcf3/1.0/ 中找到。

如果您使用下載的 cpos-sftp2hpcf 3版本，請先解壓縮，然後按照以下說明操作。

操作步驟

準備配置文件（例如 cpos-sftp2hpcf3_example.yaml）
示例配置文件可以在 cpos-sftp2hpcf3 的腳本目錄中找到。

在主節點啟動工具

命令

$ sh {path/to/script/dir/of/cpos-sftp2hpcf}/cpos-sftp2hpcf3.sh {config filename}

輸出

Checking... 
{date} Downloading to {CPOS Job ID} to {dedicated directory}... 
spawn sftp -oConnectTimeout=120 {sftp username}@odds.cpos.hku.hk 
{sftp username}@odds.cpos.hku.hk's password: 
Connected to odds.cpos.hku.hk. 
sftp> get -r data/{CPOS Job ID}* 
Fetching /data/{CPOS Job ID}/ to {CPOS Job ID} 
Retrieving /data/{CPOS Job ID} 
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.md5sum    100% {size} {speed} {time remain} 
/data/{CPOS Job ID}/{CPOS Job ID}.zip.001   100% {size} {speed} {time remain} 
sftp> 
Submitting job for check md5sum and unzip of ... 
{PBS Job ID} 
THANK YOU for using cpos-sftp2hpcf3! Bye!

文件將傳輸到專用的cpos_sftp2hpcf3_session_* 目錄中。文件傳輸完成後，傳輸百分比將顯示為 100%，系統將自動向計算節點提交 PBS 作業，以檢查 md5sum 並解壓文件。

log.cpos-md5sumN7za.*.o*

{date} Checking md5sum… 
{CPOS Job ID} : OK 
{date} Unzipping… 

7-Zip (a) [64] 17.05 : Copyright (c) 1999-2021 Igor Pavlov : 2017-08-28 
p7zip Version 17.05 (locale=en_US.UTF-8,Utf16=on,HugeFiles=on,64 bits,128 CPUs x64) 

Scanning the drive for archives: 
1 file, {size} bytes ({size} GiB) 

Extractive archive: {CPOS Job ID}.zip.001 
— 
Path = {CPOS Job ID}.zip.001 
Type = Split Physical Size = {size} 
Volumes = 1 
Total Physical Size = {size} 
—- 
Path = {CPOS Job ID}.zip 
Size = {size} 
— 
Path = {CPOS Job ID}.zip 
Type = zip 
Physical Size = {size} 
64-bit = + 

Everything is Ok 

Path = {CPOS Job ID}.zip 
Type = zip 
Physical Size = {size} 
64-bit = + 
Characteristics = Zip64 

Found ‘keep_downloaded_md5sum_zip_files’ option is true. Leaving without remove the downloaded md5sum and zip file(s)… 
{date} cpos-sftp2hpcf3 for {CPOS Job ID} has completed!

PBS 作業完成後，您將看到 md5sum 檢查結果中的 : OK 消息，以及解壓結果中的 “Everything is Ok” 消息。解壓後的文件將提取到專用的 cpos_sftp2hpcf3_session_* 目錄中。如果您選擇保留下載的文件，也可以在與解壓後文件相同的位置找到下載的文件。

數據交付內容

典型交付內容

根據測序技術、項目類型以及所需的生物訊息學支持程度數量，交付內容會有所不同。一般包括：

測序報告 （MS Word 文件） – 記錄測序作業表現的書面報告。
FastQC 報告（HTML 文件） – 由 NGS 數據質量品質控制工具生成產生的報告，可通過在網頁瀏覽器查看上檢視（僅限 Illumina 定序測序）。詳情請參閱請瀏覽作者網站以了解詳情。
分析報告及結果（各種檔案文件類型） – 總結分析數據及所採應用分析流程管線的報告。亦包括含專案項目特定的分析結果檔案文件（見下表）。
中間分析文件（各種文件類型） – 在分析過程中生成的文件，例如 Fastq 格式的高質量篩選讀段。交付內容取決於項目類型（見下表）。

請選擇以下測序技術類型，以查看交付内容。


Illumina NovaSeq Sequencing	Illumina MiSeq Sequencing	Nanopore 測序

測序 – 根據項目類型提供的具體交付內容

對於超出我們分析流程（標準交付）的分析需求，我們可提供定制化自訂協助（定制化自訂交付項目交付內容）。請注意，以下列表絕非所有可能交付項目交付內容的完整列表。如果您找不到所需的項目內容，請聯絡聯絡我們。

最終交付內容須經由 CPOS 與用戶雙方同意確定。


項目類型	交付內容	定制化
RNA-Seq (mRNA)	- BAM 格式的比對文件 - MS Excel 格式的基因／轉錄本表達水平文件 - MS Excel 格式的差異表達基因／轉錄本列表（包括整合至 Partek Flow，以進行下游通路分析） - HTML 格式的 PCA 圖（至少 2 個樣本）每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。	- MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL 列表 - MS Excel 格式的可變剪接模式（Alternative Splicing Patterns） - MS Excel 格式的融合基因文件 - MS Excel 格式的新型外顯子（Novel Exon）文件 - 其他（可進一步討論）
RNA-Seq (miRNA)	- 已知 miRNA 的 BAM 格式比對文件 - 其他已知 RNA（如 snRNA、snoRNA 等）的 BAM 格式比對文件 - MS Excel 格式的 miRNA 表達水平文件 - MS Excel 格式的差異表達 miRNA 列表每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。	- miRNA 靶標預測 - MS Excel 格式的新型 miRNA 文件 - 其他已知 RNA 的表達水平 - 其他（可進一步討論）
染色質免疫沉澱定序 (ChIP-Seq)	- BAM 格式的比對文件 - Excel 格式的 Peak 列表 - Excel 格式的已註釋 Peak 列表 - 用於在 Integrative Genomics Viewer（IGV）中進行 Peak 可視化的 BigWig 文件 * 每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。	- 其他（可進一步討論）
人類外顯子組測序	- BAM 格式的比對文件 - 標準 VCF 格式的 SNP／INDEL 文件 - MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL 文件列表 * 請單擊此處查看我們用於分析的目標文件。	- MS Excel 格式的註釋體細胞 SNP / INDEL 清單 - 針對 PHIAL 進行註釋的 MS Excel 格式檔案 - 其他（可進一步討論）
人類全基因組測序	- BAM 格式的比對文件 - 標準 VCF 格式的 SNP／INDEL／CNV／SV 文件 - MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL／CNV／SV 文件列表 * 分析將使用 DRAGEN 平台進行。 * 對於體細胞 CNV 檢測（somatic CNV calling），需要提供匹配的正常樣本（matched normal sample）。如需詳細信息，請聯絡我們。	- 其他（可進一步討論）
亞硫酸氫鹽測序	- BAM 格式的比對文件（人類及 Lambda，如適用） - Text／Excel 格式的已註釋 CpG 甲基化位點列表 - Lambda 的亞硫酸氫鹽轉化率（如適用）	- 其他（可進一步討論）
從頭基因組測序	- 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - Text 格式的預測編碼基因文件 - Text 格式的已註釋編碼基因列表 - Text 格式的重複序列列表 - Text 格式的非編碼 RNA 列表	- 用於基因組可視化的 Circos 圖 - 其他（可進一步討論）
從頭轉錄組測序	- 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - FASTA 格式的轉錄本列表 - Excel 格式的已註釋轉錄本（GO）列表 - Excel 格式的基因／轉錄本表達水平文件 - Excel 格式的差異表達基因／轉錄本列表每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。	- 其他（可進一步討論）
宏基因組測序（全基因組鳥槍法）	- 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - 原始 BLAST 文件（原生 BLAST 格式） - 分類學樹（Taxonomy Tree） - Excel 格式的物種組成	- 其他（可進一步討論）
宏基因組測序（16s 擴增子）	- FASTA 格式的合併雙端讀取序列（Joined Paired-End Reads） - BIOM 格式的 OTU 表 - 分類學摘要（Taxonomy Summary） - Alpha 多樣性分析結果（樣本組內的多樣性） -* Beta 多樣性分析結果（樣本組之間的多樣性比較） - Excel 格式的差異 OTU 列表每個項目包括 6 個組間比較（between-group comparisons）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。	- 其他（可進一步討論）

Nanopore 測序 — 根據項目類型提供的具體交付內容


項目類型	交付內容	定制化
從頭基因組測序	- 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - Text 格式的預測編碼基因文件 - Text 格式的已註釋編碼基因列表 - Text 格式的重複序列列表 - Text 格式的非編碼 RNA 列表	- 用於基因組可視化的 Circos 圖 - 其他（可進一步討論）
長距離結構變異	- BAM 格式的比對文件 - Excel 格式的結構變異列表	- 其他（可進一步討論）

下載

與 CPOS 開發的分析流程一起，我們還積累了一些對各種數據分析有用的資源。為方便其他生物訊息學研究人員使用，這些資源將通過本網站提供。

外顯子靶區域

BED 文件由合併靶標區域和探針區域（由供應商提供）生成，隨後添加 200 bp 的填充區域（上游 100 bp 和下游 100 bp）。hg19 到 hg38 的轉換使用 UCSC Genome Browser Utilities 中的 Batch Coordinate Conversion（liftOver）完成。工作流程如下所示：

以下鏈接可下載採用 BED 格式的填充合併區域：

SeqCap EZ Exome + UTR

[ hg19 MD5:46e945f4681f27614cfcf69d506ad99f ] [ hg38 MD5:87f959fddb74817eb295c8543232bb10 ]

原始靶標區域和探針區域文件可從[此處]下載 [MD5:9819b85a5a701d8e53d9184991b719cc].

xGen Exome Research Panel v1.0

[ hg19 MD5:80d1c373f3c4c2cd29c80d49fbe51be0 ] [ hg38 MD5:8d70e2dc94d1c564cd1a4acfd0f134b0 ]

原始靶標區域和探針區域文件可從[此處]下載 [MD5:1408942505230683c79955ddaae90e46].

xGen Exome Hyb Panel v2

[ hg19 MD5:a24429d5d1eb997b7e93bcbe8779d99c ] [ hg38 MD5:de730ca0297d3f4a95ab7c0cacfb4a35 ]

原始靶標區域和探針區域文件可從[此處]下載 [MD5:cc4d01e2a322bdcee011222f4f4e7bf9].

服務條款

在 CPOS，我們致力於針對您的數據採用最合適的分析方法，並確保在項目開始前對分析步驟進行周詳規劃。由於 CPOS 提供免費諮詢服務（，包括合適的分析方法和工具提供建議），我們敦促用戶提前與我們討論。我們將本著誠信原則，根據我們的專業知識提供建議，但對於最合適的分析方法不承擔全部責任。CPOS 分析團隊與項目主要研究員應在充分相互理解的基礎上達成一致，以便共同分擔相關責任。

數據處理

所有數據均儲存於聯網存儲驅動器中，並定期進行備份，但 CPOS 不負責永久儲存數據。由 CPOS 生物訊息學設施存儲的所有數據（原始數據、分析結果及所有中間文件）可能會在向用戶交付數據後 1 個月後被刪除，恕不另行通知。建議用戶妥善保存一份清晰標識的數據集永久副本。

致謝／作者署名

我們感謝您在利用本中心生成的數據發表的科研成果中對泛組學科研中心 (CPOS) 予以致謝。我們將深表感謝。如果提供了重要的智力貢獻，則適合列爲作者。適當的致謝有助於記錄我們工作的影響，並有助於支持繼續提供獲補貼的服務項目。非常感謝。

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