技術概覽
牛津納米孔測序（Oxford Nanopore Sequencing）是一種先進的第三代測序平台，提供從短讀段到超長讀段的高通量 DNA 或 RNA 樣本測序。其運作原理是利用納米孔捕獲文庫分子並測量電流的變化，從而準確轉化為 DNA 或 RNA 序列。這項尖端技術能夠生成長讀段，有助於高質量基因組從頭組裝 (de novo assembly)。此外，中心提供索引標籤 (Index / Barcode) 系統，允許在單個流動槽 (Flow Cell) 上進行多重測序 (multiplexed sequencing)，從而在時間和成本方面實現更高的效率。
收費標準與訂購
收費標準
本設施提供全方位服務，包括核酸提取、測序文庫構建、Nanopore 測序及生物訊息服務。請聯絡郭博士 (hinkwok.cpos@hku.hk / 2831-5483) 或平台專員以進行項目討論及索取正式服務報價。
價格會因下列因素而異：
- 所需的數據產出或基因組覆蓋度／測序深度（測序讀段或鹼基產出）
- 工作類型（微生物基因組測序、靶向 DNA 測序、RNA 測序、宏基因組學等）
- 樣本數量
- 測序文庫構建方法
- 生物訊息學分析需求
- 特殊及／或額外要求
- 所屬機構（香港大學、本地學術機構、海外學術機構及商業公司）
服務訂購
請透過 iLab 提交服務請求。
技術詳請
測序文庫構建
根據不同應用，備有多種測序文庫構建選項。我們樂意與您商討需求並提供建議。
測序運行
MinION 在 1 個流動槽 (Flow Cell) 中可產出高達 20 Gb 的數據。
PromethION 在 1 個流動槽 (Flow Cell) 中可產出高達 100 Gb 的數據。該系統在運行規模上也提供了靈活性，每次運行最多可支援 24 個流動槽。提供不同的測序文庫構建選項。
* 實際表現將因樣本品質及其他實驗因素而有所差異。
工作流程
樣本規格與提交
A. 樣本製備
高純度的 DNA 對確保文庫製備的一致性及獲得高品質數據至關重要。
我們的建議如下：
- 經過苯酚／氯仿提取方法的樣本必須進行純化
- 以 RNase 處理 DNA
一般而言，樣本應符合以下條件：
- 不含抑制劑，例如血紅素（來自血液）、EDTA 及鹽類
- 不含有機溶劑，例如苯酚、氯仿及乙醇
- 不含細胞碎片或蛋白質
- 不含原始生物體／組織殘留物（血紅素、腐殖酸、多酚等）
- 溶解於適當 pH 值的緩衝液中，例如 pH 8.5 的 10 mM Tris-HCl
- 未降解，例如高分子量雙鏈基因組 DNA 或在 Fragment Analyzer 檢測中具有高 RQN（RNA Quality Number）分數的 RNA。
B. 樣本要求
在提交樣本前，應透過紫外分光光度法 (UV spectrophotometry) 評估 DNA 的純度及估算數量。部分基於 DNA 的應用亦需提供電泳膠片。
提交樣本後，設施平台專員將進行樣本質量控制 (QC)，包括對 DNA 樣本進行 Qubit 定量。
| 應用 | 樣本類型 | 標準操作流程選項 | 所需核酸量 （基於 Qubit 數值） | 濃度 | 所需體積 | A260/280 | A260/230 | RIN / RQN | 是否需要電泳膠片 |
| 全基因組測序 (WGS) | 基因組 DNA | 10kb 實驗方案 | 5 μg | >50 ng/μL | >50 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | n/a | Y |
| 30kb 實驗方案 | 25 μg | >100 ng/μL | >50 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | n/a | Y | ||
| cfDNA 測序 | 游離 DNA | 單重實驗方案 | >30 ng | >2 ng/μL | >20 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | n/a | Y* （需提供 Fragment Analyzer 圖譜） |
| 多重實驗方案 | >6 ng | >0.5 ng/μL | >20 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | n/a | |||
| 擴增子測序 (Amplicon Sequencing) | 擴增子 | 多重實驗方案 | 請向我們查詢 | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | n/a | Y | ||
| 直接 RNA 測序 (Direct RNA Sequencing) | 總 RNA | 3'-聚腺苷酸化轉錄本富集實驗方案 | 3 μg | >150 ng/μL | >20 μL | ~2.0 | 2.0 – 2.2 | >=7 | N |
C. 樣本提交
請在提交樣本前透過 iLab 提交服務申請以獲取項目價格並確認服務內容。在將樣本帶到設施之前，請透過網頁底部的電話／電郵提前聯絡我們的同事。隨樣本請攜帶以下物品：
- 已填妥的 Nanopore 樣本提交表格紙本，以及作為 iLab 附件的電子檔
- 對於 DNA 樣本，請附上帶有適當大小標記 (size marker) 的電泳膠片，其上標記應大於或等於 20 kb（例如 GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder）
提交前請諮詢平台專員。
數據收集
數據備妥後將透過電郵通知用戶。有關數據領取詳情，請參閱 CPOS 生物訊息設施頁面。
服務條款
數據產出
請參閱「技術詳情」了解相關資訊。
實際產出會隨以下因素而異：
- 樣本質量
- 測序文庫構建方法
- 試劑批次
- 測序批次間差異
數據質量與可用性
我們將秉持誠信，為所有合作者和用戶產出最佳的產出與高質量數據。
任何問題都將在運行前、運行中及運行後進行公開商討。
各個步驟的資料亦可應要求提供予合作者及用戶。
周轉時間
完成服務所需的時間可能會根據提交的樣本數量以及提交樣本時的服務需求水平而有所不同。
一旦樣本和試劑全部備妥，樣本將立即排入處理隊列。從牛津納米孔技術公司 (Oxford Nanopore Technologies) 訂購試劑需時約 1 個月。
預計完成日期將在提交樣本時通知。
實用連結
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