技術概覽
Mission Bio Tapestri 平台能夠對數千個細胞進行標靶 DNA 測序。它能夠在單細胞水平上檢測單核苷酸變異 (SNV)、插入缺失 (indels)、拷貝數變異 (CNV) 等。
Mission Bio 提供了一系列預設計基因面版 (pre-designed panels)，涵蓋血液惡性腫瘤和實體瘤中最常涉及的基因。為了獲得更大的靈活性，用戶還可以根據現有設計或從頭開始為人類、小鼠或其他基因組創建自定義板 (custom panel)。
Tapestri 儀器採用兩步式微流體工作流程。它首先包裹單細胞並進行細胞條形碼編碼。接下來，帶有條形碼的細胞將進行標靶多重 PCR，並進一步處理以生成與 Illumina 兼容的文庫，用於二代測序 (NGS)。
我們的設施現已配備 Tapestri 儀器。歡迎隨時聯絡我們了解服務詳情。
收費標準與訂購
單細胞標靶 DNA 測序
- 5,000 – 10,000 個細胞的靶向DNA測序
- 可選擇預設計基因面版 (target panels) 或自定義面板 (custom panels)
服務價格
價格會因下列因素而異：
- 檢測面板 (target panel)（預設計或自定義）
- 目標細胞數量（影響測序成本）
- 生物訊息學分析需求
- 隸屬單位（香港大學、本地學術機構、海外學術機構等）
本設施提供 Tapestri 運行，用於從細胞懸浮液中包裹單細胞、隨後的文庫製備和 Illumina 測序。請聯絡 Dr. KWOK, Hin (mbsinglecell.cpos@hku.hk / 2831-5483) 進行項目討論。
服務訂購
請參閱「樣本製備與提交」一節了解樣本要求。
請透過 iLab 提交服務申請。
技術詳請
單細胞包裹
該系統能夠從單細胞懸浮液中每個樣本捕獲 5,000 至 10,000 個細胞。
用戶須提交細胞濃度為每微升 (μl) 3,000 – 4,000 個細胞、大小為 30 μm 或以下且具有良好存活率（80% 或以上）的細胞懸浮液。
在 Tapestri 儀器中，細胞將首先被分隔、裂解並用蛋白酶處理以去除 DNA 結合蛋白，從而釋放 DNA。在下一步中，裂解後的細胞將與條形碼磁珠 (barcoding beads) 和試劑混合物混合，在液滴中生成帶有條形碼的細胞。隨後，它們將使用多重 PCR 進行標靶擴增，以擴增感興趣的區域。然後，液滴將被打碎以釋放帶有條形碼的 DNA，以便透過添加 Illumina 接頭 (adapters) 進行文庫擴增。純化後的最終文庫即可進行測序。包含相同細胞條形碼序列的文庫片段可以相互關聯。
資料來源：Mission Bio
測序文庫構建
本服務將包括單細胞包裹後的文庫預備。
測序運行
所生成的文庫與 Illumina 測序儀兼容。為了在一端讀取插入序列，並在另一端讀取條形碼，需要進行雙端測序 (paired-end sequencing reads)。
供應商規範建議平均覆蓋深度為 60 – 80X。所需的總讀取數（以百萬計）由以下公式給出：
預期細胞數 × 擴增子數量 × 建議覆蓋深度
工作流程
樣本製備與提交
單細胞 DNA 測序的細胞要求
對於每個樣本，請用戶提交符合以下條件的細胞懸浮液：
— 濃度為每微升 3,000 – 4,000 個細胞
— 大小為 30 μm 或以下
— 充分解離，無團塊或雙細胞 (doublets)
— 存活率良好（存活率 >80%）
— 重懸於不含 Ca2+/Mg2+ 的 1x DPBS 中
樣本提交
將樣本帶到設施前，請提前聯絡我們的同事（透過此處顯示的電話／電郵）。
確認樣本提交日期及詳情後，請透過 iLab 提交服務申請。
請提交 單細胞（Mission Bio）樣本提交表格作為 iLab 的附件。
實用連結
聯絡我們
Dr KWOK, Hin
Ms CHENG, Lilian
