技術概覽
安捷倫片段分析儀系統 (Agilent Fragment Analyzer system) 是一種核酸分析工具，能夠分析廣泛的樣本，包括 cDNA、二代測序 (NGS) 文庫、PCR 片段及總 RNA 等。安捷倫片段分析儀在單次操作中具備高通量，可加快分子工作流程中的核酸分析速度。
該系統是 Bioanalyzer 2100 可靠且具成本效益的替代方案，可提供具可比性且穩健的結果。它在檢測方面具備更高的靈敏度和解像度。其分析軟件為下游流程及各種工作流程提供關於樣本大小分佈和質量的準確且詳細的結果，包括 NGS 文庫質量控制 (QC)、單細胞 (10X) cDNA 及文庫質量控制，以及常規 RNA 完整性評估。
雖然此測定提供關於片段大小分佈的精確資訊，但不建議用於準確定量樣本濃度。若需精確測量 DNA 或 RNA 濃度，建議使用螢光染料法，例如 Qubit 或 PicoGreen 測定。
工作流程
樣本製備與提交
樣本製備與提交指南
(1) 根據下表提供的靈敏度範圍製備樣本，並以指定的容器類型提交。請清晰標記試管／八聯管／孔盤，並在樣本提交表格中提供樣本的全名。
| 樣本數量 | 容器類型 | 備註 |
| ≤ 8 | 1.5 mL 試管 | |
| 9 – 32 | 帶蓋 8 聯管 | |
| > 32 | 96 孔盤 | 1. 請按列 (column) 排列樣本，即由上至下填滿 A1 – H1 -> A2 – H2 依此類推。 |
| 2. 對於 DNF-474 用戶（DNA 樣本），請將 H12 孔留空以放置標準品 (ladder)。 | ||
| 3. 對於 DNF-472 用戶（RNA 樣本），請將最後一列 (A12 – H12) 留空以放置標準品 (ladder)。 |
(2) 根據我們的內部經驗，建議將濃度控制在靈敏度範圍的中間點附近，因為這通常能產生最佳結果。接近範圍下限的濃度可能無法提供可靠的數據。
| 片段分析儀測定 | 大小範圍 | 建議濃度範圍 | 最低樣本體積 | 每孔盤的最高樣本數量 |
| DNF-474 HS NGS 片段試劑盒 (1 – 6,000 bp) | 100 – 6,000 bp | 尖峰 (Sharp Peak)*：0.25 – 0.5 ng/µl | 5 μL | 95 |
| 寬峰 (Broad Peak)**：1.25 – 2.5 ng/µl | ||||
| DNF-472 HS RNA 試劑盒 (15 nt) | 200 – 6,000 nt | 總 RNA：2.5 – 5 ng/µl | 5 μL | 88 |
*e.g. amplicon
**e.g. NGS library
(3) 每個試管均須清晰標記樣本編號 (Sample ID)。若使用八聯管，試管編號須與樣本提交表格上的樣本名稱相符。
若使用孔盤，請在提交表格及孔盤兩者上記錄孔盤編號 (Plate ID)。
(4) Submit service request through iLab. Unless otherwise specified, a smear analysis between 200 bp and 1,000 bp would be included in the report for all DNA assays.
(5) Submit completed Fragment Analyzer sample submission form as attachment on iLab.
(6) 請聯絡平台專員以預約樣本提交時間。
(7) 將樣本帶到設施的片段分析儀平台。
Illumina 測序（二代測序）用戶特別注意事項
在提交樣本之前，請聯絡我們的 Illumina 平台專員 (nextgenseq.cpos@hku.hk)。
*重要事項*：不建議依賴片段分析儀報告中顯示的濃度進行 NGS 文庫數量檢查及 NGS 測序製備。我們建議使用 qPCR 以準確測量 NGS 文庫濃度。
有關 Illumina 測序提交要求的更多詳情，請瀏覽 Illumina 測序樣本要求與提交網頁.
如果您的樣本不符合上述要求，歡迎隨時與我們聯絡 (fragmentanalyzer.cpos@hku.hk / 2831-5479) 以尋求協助。
數據收集
處理時間
預期的周轉時間通常為 1 至 3 個工作天。
數據交付
結果將透過我們的網上數據交付系統 (Online Data Delivery System, ODDS)，以 PDF 格式交付。
除非另有說明，否則所有 DNA 測定的報告中將包含 200 bp 至 1,000 bp 之間的彌散區分析 (smear analysis)。
服務條款
剩餘樣本
剩餘樣本將在結果交付後保留一星期。
歡迎用戶在此期間領取任何剩餘樣本，此後樣本將被銷毀，恕不另行通知。
請聯絡我們的平台專員以安排樣本提取事宜。
聯絡我們
Mr Jacky CHAN
