冷凍電子顯微鏡技術 — 高性能計算集群設施 (CM-HPC) 概覽

本設施提供高效能運算環境，用以處理由冷凍電子顯微鏡（Cryo-EM）所產生的大型數據集。主要特色包括：

  1. 預先安裝的軟體
    • 主要軟體均已預先安裝，供所有用戶使用。
    • 用戶可以使用環境模組（Environment Modules）透過簡單的指令（例如 module load）存取並切換不同的軟體環境。
  2. 儲存空間與磁碟配額
    • 用戶獲分配用於儲存的磁碟空間。
    • 配額可根據需要進行調高或調低。
    • 用戶帳戶及儲存空間大小將收取相應費用。請參閱所提供網站上的詳細收費政策。
  3. 作業提交與資源分配
    • 作業透過批次作業系統（SLURM）提交。
    • 作業會在可用的計算節點上執行，但須遵守最大資源使用的限制。
    • 如果一般工作排程無法滿足您的需求，您可以提交作業執行計畫與資源需求的詳細資料，以申請自訂工作排程。自訂工作排程經審核後，會以短期為基礎建立。
    • 如果您有特殊需求，請與我們聯繫以討論相關選項。所有請求均需獲得審批，並視乎當時資源的可用性而定。

主要指令與用法

  1. 環境模組
    • 載入軟體：module load
    • 卸載軟體：module unload
    • 列出可用軟體：module avail
    • 列出已載入軟體：module list
  2. 作業提交（SLURM）
    • 提交作業：sbatch
    • 檢查作業狀態：squeue
    • 取消／刪除作業：scancel

Best Practices

  1. 優化資源使用
    • 僅請求您所需的資源，以避免不必要的費用。
    • 使用高效的演算法與腳本，以將計算時間降至最低。
  2. 監控作業狀態
    • 定期使用 squeue 檢查作業狀態。
    • 對失敗的作業進行除錯並檢視相關日誌。
  3. 備份重要資料
    • 定期備份資料，以避免系統出問題時造成損失。

如果您有任何具體問題或需要進一步協助，歡迎隨時與我們聯繫。