技術概覽
Illumina 單細胞技術利用顆粒模板即時分區技術 (particle-templated instant partitions, PIPs) 為單細胞進行條形碼標籤及分離捕獲，以進行 RNA 測序。
在無需微流控裝置的情況下，只需透過簡單的旋渦混合 (vortexing)，單個細胞便能在乳液中溫和地被捕獲，隨後進行 cDNA 合成及文庫製備。文庫將進行二代測序 (NGS) 及數據分析，以揭示單細胞解像度下的基因表達譜。
憑藉簡單的工作流程和極少的儀器設備，Illumina 單細胞技術實現了可擴展的單細胞捕獲並提高成本效益。我們的設施目前提供 Illumina Single Cell 3’ RNA 製備服務。歡迎隨時聯絡我們了解服務詳情。
收費標準與訂購
服務價格
本設施提供每樣本最多 10,000 個細胞的 3’ 端基因表達譜分析。提供從細胞捕獲、cDNA 合成、隨後的文庫製備、Illumina 測序到透過 DRAGEN 進行數據分析的完整服務。請聯絡郭軒博士 (pipsinglecell.cpos@hku.hk / 2831-5483) 以進行項目討論及索取服務報價。
價格會因下列因素而異：
- 目標細胞數量（影響測序成本）
- 生物訊息學分析需求
- 隸屬單位
服務訂購
請參閱「樣本要求與提交」一節了解樣本要求。
請透過 iLab 提交服務申請。
技術詳請
細胞捕獲與文庫製備
懸浮狀態的細胞首先與帶有單細胞標籤的水凝膠模板顆粒及油混合。透過旋渦混合，細胞會瞬間被捕獲於顆粒模板即時分區 (PIPs) 中。隨後細胞被裂解以釋放其 mRNA，這些 mRNA 繼而被帶條形碼磁珠上的 poly(dT) 引物捕獲。隨後破乳並清洗，以回收磁珠進行反轉錄。
接下來，全長 cDNA 會被片段化、連接接頭 (adapters)，並大量擴增成文庫。最終的文庫將包含獨特的細胞條形碼 (cell barcodes) 及內源分子標識符 (IMIs)，以實現更準確的細胞和分子計數。
資料來源：Illumina
測序運行
所生成的文庫與 Illumina 測序儀兼容。為了在一端讀取轉錄本序列，並在另一端讀取條形碼，需要進行雙端測序 (paired-end sequencing)。測序深度會根據用戶的應用需求而有所不同，但供應商建議以每個輸入細胞 20,000 個讀取對 (read pairs) 的深度開始。
工作流程
樣本規格與提交
樣本要求
樣本類型：
單細胞／細胞核懸浮液（新鮮／固定*）
細胞大小：
60 µm 或更小，充分解離且無團塊 (clumps) 或雙細胞 (doublets)
濃度：
3,400 細胞/µl，最少 50 µl
存活率：
>90%
樣本緩衝液：
Cell Suspension Buffer (Illumina)**
* 固定細胞／細胞核須透過 DSP-甲醇固定 (DSP-Methanol Fixation) 製備。其他固定方法（例如甲醛）尚未經過驗證，因而不建議使用。
**在將細胞懸浮液輸入 PIPs 之前，必須完成在 Cell Suspension Buffer 的清洗，以確保任何抑制劑（例如胎牛血清 (FBS)、牛血清白蛋白 (BSA) > 1%、高鹽分或鈣、殘留有機溶劑）已從細胞懸浮液中充分洗淨。設施將在與 PIPs 混合之前執行一次清洗步驟，將緩衝液更換為 Cell Suspension Buffer。
樣本提交
由於項目性質所限，樣本必須在提交後立即處理。請提前聯絡我們的同事（透過此處顯示的電話／電郵）以預約時段。
確認樣本提交日期及詳情後，請透過 iLab 提交服務申請。請提交《單細胞（Illumina）樣本提交表格》作為 iLab 的附件。
服務條款
完整服務的預期服務週期通常為從樣本提交到測序數據交付的 2 至 4 個星期。服務週期可能會因案件需求量而異。
聯絡我們
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Ms LI, Rachel
