技術概覽
10X Genomics Visium 技術使用全轉錄組探針來捕獲組織切片中的 RNA，然後透過 Visium CytAssist 儀器將其轉移至 Visium 載玻片上，以添加空間條形碼 (spatial barcodes)。
捕獲於 Visium 載玻片上的探針將進行文庫製備與二代測序 (NGS)，以揭示單細胞水平上具有空間資訊的基因表達譜。
我們的設施現已配備 Visium CytAssist 儀器。歡迎隨時聯絡我們了解服務詳情。
收費標準與訂購
Visium HD 空間基因表達
- 使用針對人類或小鼠轉錄組的探針，對組織樣本的轉錄組進行空間分析
- 6.5 x 6.5 mm 捕獲區域，帶有連續的空間條形碼寡核苷酸陣列
- 與 FFPE、新鮮冷凍或固定冷凍組織兼容
服務價格
本設施提供完整服務，包括樣本質量控制 (QC)、探針雜交、使用 10X Visium CytAssist 儀器進行探針捕獲、隨後的文庫製備、Illumina 測序到透過 Space Ranger 進行數據分析。請聯絡 Dr KWOK, Hin (singlecell10x.cpos@hku.hk / 2831-5483) 以進行項目討論及索取服務報價。
價格會因下列因素而異：
- 目標組織區域大小（影響測序成本）
- 組織類型（影響測序成本）
- 生物訊息學分析需求
服務訂購
請參閱「樣本要求與提交」一節了解樣本要求。
請透過 iLab 提交服務申請。
技術詳請
Visium HD 載玻片
每個 Visium HD 載玻片包含兩個大小為 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區域。每個捕獲區域內均有一個由 2 µm 條形碼正方形組成的連續寡核苷酸陣列。
資料來源：10X Genomics
Visium HD 基因表達文庫製備
在 Visium HD 測定中，組織載玻片將首先進行染色和成像。然後將其與全轉錄組探針孵育以捕獲 mRNA 轉錄本。清洗後，探針將從組織載玻片上釋放，並在 Visium CytAssist 儀器中轉移至 Visium HD 載玻片上。該儀器在運行過程中還會捕捉明場圖像以記錄空間方向。雜交至 Visium HD 載玻片寡核苷酸上的探針將用於文庫構建及下游測序。空間條形碼用於識別組織中每個轉錄本的原始位置。
資料來源：10X Genomics
測序運行
所生成的文庫與 Illumina 測序儀兼容。為了在一端讀取轉錄本序列，並在另一端讀取空間條形碼和 UMI，需要進行雙端測序 (paired-end sequencing reads)。
請參閱下表了解供應商對每種組織類型所需的最低測序深度的建議：
| X P | Visium HD | ||
| 組織類型 | FFPE | 新鮮冷凍 | 固定冷凍 |
| 每個捕獲區域的雙端讀段數 | 2.75 億 | 7 億 | 5 億 |
| CPOS 運行設定 | NovaSeq X Plus PE150bp |
工作流程
樣本規格與提交
樣本要求
對於 Visium HD 測定，用戶必須在實際實驗前提交樣本進行質量控制 (QC)。每個樣本的組織切片應置於 2 ml 試管中，用於提取 RNA 及進行RNA片段大小質量控制。歡迎用戶提交多於 2 個樣本進行質量控制。
對於實際實驗，用戶應將組織切片放置在載玻片上，並進行染色和成像。一個載玻片上應放置一個組織切片。建議用戶準備備用載玻片，並根據成像結果選擇質量最好的載玻片用於下游實驗。用於成像的同一組織切片應用於提交 Visium 實驗。每輪實驗用戶必須準確提交 2 個相同物種（人類或小鼠）的樣本。
請參閱下表了解樣本提交要求：
| 用途 | 樣本類型 | FFPE | Fresh Frozen | Fixed Frozen |
| 用於樣本質量控制 (QC) | 切片厚度 | 5 μm | 25 μm | 25 μm |
| 切片數量 | 1-2 sections for ≥ 6.5 x 6.5 mm ~2 sections for ≤ 6.5 x 6.5 mm | 4 片 （20-30 mg 組織） | 4 片 （20-30 mg 組織） | |
| 樣本格式 | 將組織切片放入 2 ml 試管中 | |||
| RNA 質量控制標準 | DV200 > 30% | RIN ≥ 4 | DV200 ≥ 50% | |
| 質量控制樣本提交表格 | 請按此 | |||
| 用於 Visium HD | 切片厚度 | 3-10 µm（建議：5 µm） | 10-20 µm（建議：10 µm） | |
| 切片數量 | 每張載玻片 1 片 | |||
| 樣本格式 | 將組織切片放置在載玻片上。用甘油固定蓋玻片。 請按此了解有關載玻片邊距的說明。 | |||
| 樣本預備指南 | 請按此 | 請按此 | 請按此 | |
| 成像指南 | 請按此 | |||
| 已測試的成像系統 | Primo Micropatterning/Color Imaging System | |||
| 須自行採購的第三方物品 | 請按此 | |||
| 樣本提交表格 | 請按此 |
樣本提交
由於項目性質所限，樣本必須在提交後立即處理。已成像的載玻片必須於工作天下午 5 時前提交至基因組學設施。請提前聯絡我們的同事（透過此處顯示的電話／電郵）以預約時段。
服務條款
CPOS 無法保證在大組織上 100% 準確選擇感興趣區域。我們將盡力為用戶產出最佳輸出與高質量數據。
樣本質量控制 (QC) 的預期服務週期服務週期通常為 1 至 2 個星期。完整服務方面，通常為從樣本提交到測序數據交付的 4 至 6 個星期。服務週期服務週期可能會因案件需求量而異。
聯絡我們
Dr KWOK, Hin
Ms CHENG, Lilian
