技術概覽
iScan BeadArray
Illumina iScan 系統採用 BeadArray 技術，應用於廣泛的 DNA 分析範疇，包括基因型分型和甲基化研究。3 微米二氧化矽微珠高密度地組裝在載玻片上的微孔中，實現每張載玻片的多樣本分析。每顆微珠均覆蓋數十萬個特定寡核苷酸的複本，這些寡核苷酸在 Illumina 的其中一項測定中充當捕獲序列。探針設計的不同組合可在全基因組範圍內實現廣泛的應用，包括基因和外顯子水平分析、基因型分型和重測序。
本設施的 iScan 平台可進行以下分析：
- 全基因組 SNP 基因型分型
- 全基因組甲基化分析
- 全基因組拷貝數變異 (CNV) 分析
- 自定義 SNP 基因型分型
典型的 iScan BeadChip 實驗 (Infinium) 包括以下步驟：
- 預備從標本中分離 DNA
- 樣本與 BeadChips 的雜交
- 嚴格洗滌、單鹼基延伸、BeadChip 染色及成像
- 掃描圖像分析與數據提取
有關 iScan BeadArray 技術和產品的詳情，請瀏覽 Illumina iScan 網站。
樣本預備與要求
預備用於基因型分型和甲基化分析的 DNA 樣本
在進行樣本預備之前，請先諮詢平台專家。
用於基因型分型
使用高質量純化試劑／試劑盒分離 DNA，並將 DNA 溶解／洗脫於 TE 緩衝液（10 mM Tris, 1 mM EDTA，pH 8.0）中。
DNA 樣本質量與數量要求
- 雙鏈、未降解的高質量 DNA*
- 片段大小至少 2 Kb
- A260/280 = 1.8-2.2
- 濃度必須標準化至 50 ng/uL**
- 最低 15 uL**
- 溶解於 TE 緩衝液（10 mM Tris, 1 mM EDTA，pH 8.0）中
* 不建議使用全基因體擴增 DNA。
** DNA 定量指引
準確的定量至關重要。
強烈建議使用者以螢光測定法（例如 PicoGreen 檢測法或 Qubit）來測定樣品濃度。當樣品中存在萃取過程中殘留的單股 DNA、寡核苷酸、RNA 及/或蛋白質時，紫外線光譜法/NanoDrop 等替代的間接方法可能會錯誤回報樣品中的雙股 DNA (dsDNA) 濃度。如果使用後者的間接方法，為了安全起見，建議提交 20 微升、濃度為 150 納克/微升 的 DNA 以供 Qubit 測量。
標準化後的樣本應儲存於 -80°C 直至提交樣本。
用於甲基化分析
使用高質量純化試劑／試劑盒分離 DNA，並將 DNA 溶解／洗脫於 TE 緩衝液（10 mM Tris, 1 mM EDTA，pH 8.0）中。
DNA 樣本質量與數量要求
- 雙鏈、未降解的高質量 DNA*
- 片段大小至少 2 Kb
- A260/280 = 1.8-2.2
- 溶解於 TE 緩衝液（10 mM Tris, 1 mM EDTA，pH 8.0）中
* 不建議使用全基因組擴增 (Whole Genome Amplified) DNA。
對於甲基化分析，樣本數量要求取決於樣本數量。請向我們查詢。
對於基因型分型和甲基化分析，請同時在 0.8% 瓊脂糖凝膠上檢查 DNA 質量，並使用適當的大小標記（具有良好解像度）。
保留凝膠照片的軟副本以透過電郵發送給平台專家。
以下是可接受的凝膠照片範例：
樣本提交
用於基因型分型和甲基化分析的 DNA 樣本提交
** 對於自行定義 Beadchip 服務，請在提交樣本前聯絡 Dr. CHAN, Agnes (2831-5427)。
用於基因型分型分析
- 檢查所有樣本是否符合要求。
- 透過電郵將樣本資訊（樣本 ID、A260/280 比率）和凝膠照片發送給平台專家。
- 當收到平台專家通知所有樣本均通過 QC 時，請下載並填寫「iScan 基因型分型樣本佈局 (iScan sample layout for genotyping)」。沿縱行排列樣本，即若每張晶片 8 個樣本，使用 A1-H1；若每張晶片 12 個樣本，使用 A1-D2；並在 E2 繼續，如此類推。完整填寫樣本佈局、樣本 ID 及 A260/280 比率。
- 透過 iLab 提交服務申請。建立服務申請後，附加 iScan 樣本佈局電子表格。
**每個提交的樣本盤請使用 1 份樣本佈局電子表格。** - 根據樣本佈局電子表格，將 15 uL 的 DNA 樣本 (50 ng/uL)轉移至 96 孔裙邊盤 (96-well skirted plate) 中。
- 在帶裙邊的 96 孔 PCR 盤的側面清晰標註您的姓名、日期和盤 ID。
- 使用優質黏合膜將盤密封。確保沒有滲漏。
- 聯絡平台專家安排樣本提交。
- 將樣本盤置於冰上帶到 CPOS 基因組學設施。
用於甲基化分析
- 檢查所有樣本是否符合要求。（樣本數量要求取決於樣本數量。請向我們查詢。）
- 下載並填寫「iScan 甲基化樣本提交 (iScan sample submission for methylation)」。
- 透過 iLab 提交服務申請。建立服務申請後，附加 iScan 甲基化樣本提交表格。
- 將 DNA 樣本轉移至管中，並清晰標註樣本 ID。
- 聯絡平台專家安排樣本提交。
- 將樣本管置於冰上帶到 CPOS 基因組學設施。
數據收集
處理時間
完成服務所需的時間可能會根據提交的樣本數量以及提交樣本時的服務需求水平而有所不同。
一旦樣本、BeadChip 試劑盒和其他試劑全部備妥，樣本即會排入處理隊列中。
預計完成日期將在提交樣本時通知。
數據交付
實驗完成後，您將收到一封附有網上數據下載程序的電郵通知。
請妥善保存您自己的數據複本。
數據分析支援
我們的 iScan 平台用戶有權免費使用數據分析工作站進行下游數據分析。
提供面授軟件教程。
所有模組的 GenomeStudio 軟件 2011.1（用於甲基化分析）和 2.0.5（用於基因型分型分析）授權密鑰現已可在 Illumina 網站下載。
服務條款
特別注意事項
- 如果用戶未能遵循所提供的指示及／或未能向我們的員工提供充足的資訊，泛組學科研中心 (CPOS) 對實驗失敗概不負責。
- 用戶有責任對其 DNA 樣本進行質量控制。若因樣本混淆及／或 DNA 樣本降解而導致實驗失敗，泛組學科研中心 (CPOS) 概不負責。
周轉時間／交付時間
周轉時間／交付時間將在提交樣本時通知，取決於作業隊列。如遇不可預見的延誤，將立即聯絡用戶。
剩餘樣本
實驗完成後，DNA 樣本將保留 30 天。
歡迎用戶在此期間領取任何剩餘材料，在此之後，材料將被棄置，恕不另行通知。
請聯絡平台專家安排提取。
實用連結
更多資訊：
聯絡我們
Ms LI, Rachel
Ms LAM, Levina
