數據交付內容
生物訊息設施
典型交付內容
根據測序技術、項目類型以及所需的生物訊息學支持程度數量，交付內容會有所不同。一般包括：
- 測序報告 （MS Word 文件） – 記錄測序作業表現的書面報告。
- FastQC 報告（HTML 文件） – 由 NGS 數據質量品質控制工具生成產生的報告，可通過在網頁瀏覽器查看上檢視（僅限 Illumina 定序測序）。詳情請參閱請瀏覽 作者網站以了解詳情。
- 分析報告及結果（各種檔案文件類型） – 總結分析數據及所採應用分析流程管線的報告。亦包括含專案項目特定的分析結果檔案文件（見下表）。
- 中間分析文件（各種文件類型） – 在分析過程中生成的文件，例如 Fastq 格式的高質量篩選讀段。交付內容取決於項目類型（見下表）。
請選擇以下測序技術類型，以查看交付内容。
Illumina NovaSeq / MiSeq Sequencing – Specific Deliverables Based On Project Type
對於超出我們分析流程（標準交付）的分析需求，我們可提供定制化自訂協助（定制化自訂交付項目交付內容）。請注意，以下列表絕非所有可能交付項目交付內容的完整列表。如果您找不到所需的項目內容，請聯絡聯絡我們。
最終交付內容須經由 CPOS 與用戶雙方同意確定。
| 項目類型 | 交付內容 | 定制化 |
| RNA-Seq (mRNA) | - BAM 格式的比對文件 - MS Excel 格式的基因／轉錄本表達水平文件 - *MS Excel 格式的差異表達基因／轉錄本列表（包括整合至 Partek Flow，以進行下游通路分析） - HTML 格式的 PCA 圖（至少 2 個樣本） * 每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。 | - MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL 列表 - MS Excel 格式的可變剪接模式（Alternative Splicing Patterns） - MS Excel 格式的融合基因文件 - MS Excel 格式的新型外顯子（Novel Exon）文件 - 其他（可進一步討論） |
| RNA-Seq (miRNA) | - 已知 miRNA 的 BAM 格式比對文件 - 其他已知 RNA（如 snRNA、snoRNA 等）的 BAM 格式比對文件 - MS Excel 格式的 miRNA 表達水平文件 - *MS Excel 格式的差異表達 miRNA 列表 * 每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。 | - miRNA 靶標預測 - MS Excel 格式的新型 miRNA 文件 - 其他已知 RNA 的表達水平 - 其他（可進一步討論） |
| 染色質免疫沉澱定序 (ChIP-Seq) | - BAM 格式的比對文件 - Excel 格式的 Peak 列表 - Excel 格式的已註釋 Peak 列表 - 用於在 Integrative Genomics Viewer（IGV）中進行 Peak 可視化的 BigWig 文件 * 每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。 | - 其他（可進一步討論） |
| 人類外顯子組測序 | - BAM 格式的比對文件 - 標準 VCF 格式的 SNP／INDEL 文件 - MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL 文件列表 * 請單擊此處查看我們用於分析的目標文件。 | - MS Excel 格式的註釋體細胞 SNP / INDEL 清單 - 針對 PHIAL 進行註釋的 MS Excel 格式檔案 - 其他（可進一步討論） |
| 人類全基因組測序 | - BAM 格式的比對文件 - 標準 VCF 格式的 SNP／INDEL／CNV／SV 文件 - MS Excel 格式的已註釋 SNP／INDEL／CNV／SV 文件列表 * 分析將使用 DRAGEN 平台進行。 * 對於體細胞 CNV 檢測（somatic CNV calling），需要提供匹配的正常樣本（matched normal sample）。如需詳細信息，請聯絡我們。 | - 其他（可進一步討論） |
| 亞硫酸氫鹽測序 | - BAM 格式的比對文件（人類及 Lambda，如適用） - Text／Excel 格式的已註釋 CpG 甲基化位點列表 - Lambda 的亞硫酸氫鹽轉化率（如適用） | - 其他（可進一步討論） |
| 從頭基因組測序 | - 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - Text 格式的預測編碼基因文件 - Text 格式的已註釋編碼基因列表 - Text 格式的重複序列列表 - Text 格式的非編碼 RNA 列表 | - 用於基因組可視化的 Circos 圖 - 其他（可進一步討論） |
| 從頭轉錄組測序 | - 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - FASTA 格式的轉錄本列表 - Excel 格式的已註釋轉錄本（GO）列表 - Excel 格式的基因／轉錄本表達水平文件 - *Excel 格式的差異表達基因／轉錄本列表 * 每個提交進行測序的樣本均包括 1 個兩兩比較（pairwise comparison）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。 | - 其他（可進一步討論） |
| 宏基因組測序（全基因組鳥槍法） | - 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs）
- 原始 BLAST 文件（原生 BLAST 格式） - 分類學樹（Taxonomy Tree） - Excel 格式的物種組成 | - 其他（可進一步討論） |
| 宏基因組測序 （16s 擴增子） | - FASTA 格式的合併雙端讀取序列（Joined Paired-End Reads）
- BIOM 格式的 OTU 表 - *分類學摘要（Taxonomy Summary） - *Alpha 多樣性分析結果（樣本組內的多樣性） -* Beta 多樣性分析結果（樣本組之間的多樣性比較） - *Excel 格式的差異 OTU 列表 * 每個項目包括 6 個組間比較（between-group comparisons）。如需其他比較，歡迎聯絡我們了解詳情。 | - 其他（可進一步討論） |
Pacbio Sequencing – Specific Deliverables Based On Project Type
對於超出我們分析流程（標準交付）的分析需求，我們可提供定制化自訂協助（定制化自訂交付項目交付內容）。請注意，以下列表絕非所有可能交付項目交付內容的完整列表。如果您找不到所需的項目內容，請聯絡聯絡我們。
最終交付內容須經由 CPOS 與用戶雙方同意確定。
| 項目類型 | 交付內容 | 定制化 |
| 從頭基因組測序 | - 多種格式的從頭組裝文件（原始文件及 contigs） - Text 格式的預測編碼基因文件 - Text 格式的已註釋編碼基因列表 - Text 格式的重複序列列表 - Text 格式的非編碼 RNA 列表 | - 用於基因組可視化的 Circos 圖 - 其他（可進一步討論） |
| 長距離結構變異 | - BAM 格式的比對文件 - Excel 格式的結構變異列表 | - 其他（可進一步討論） |
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